W celu nadawania rabatów należy w formularzu faktury w sekcji Produkt kliknąć "Pokaż więcej" a następnie z listy wybrać wariant "rozszerzony".
W widoku tabeli pojawi się kolumna "Rabat" > procentowy lub kwotowy.

Istnieje także możliwość ustawienia dla danego kontrahenta stałego rabatu.
Więcej szczegółów znajduje się tutaj.